綜合高中課程內容有很大的彈性，僅有百分之四十由教育部訂定，其他百分之六十課程由學校自行訂定。一年級的課程大多是共同科目，奠定爾後學習的基礎，另有生涯試探科目，介紹生涯規劃職業類別、就業市場需求，做為將來選擇的參考。二、三年級的課程則共同必修科目逐漸減少，選修科目漸次增加，學生如果選擇升一般大學院校，就可以多選修一般大學院校必考的科目，如果選擇升科技大學、四技二專，就可以多選修科技大學、四技二專必考的科目，如果選擇就業，就可以多選修就業所需的專業科目。可說是依自己需要，照自己的與趣選讀自己所喜歡的課程，課程設計非常靈活。且綜合高中課程設計另有一項重要的目標，即為促進學生身心健全發展及適應社會變遷的能力，因此綜合高中非常重視活動課程的規劃，期能藉此培養學生處理問題以及領導等能力，使學習生活快樂又充實。